Der Vorstand des Bernstein Netzwerks steuert das Netzwerk und vertritt es nach außen. Die inhaltliche Arbeit wird durch den erweiterten Vorstand unterstützt. Die Gruppen der Nachwuchswissenschaftler:innen, Studierenden und Promovierenden sowie die Postdocs wählen jeweils eigene Vertreter:innen, um ihren speziellen Anliegen eine Stimme zu geben.
Die Gremien des Bernstein Netzwerks werden alle zwei Jahre im Zuge der ordentlichen Mitgliederversammlung neu gewählt. Wahlberechtigt sind alle Mitglieder des Netzwerks.